По сведениям старожилов первая школа в селе Митрофановском была открыта в 1889 году. Под школьное здание был приспособлен крестьянский домик,саманный,крытый соломой. Размещалось это здание на том месте, где сейчас стоит двухэтажное здание правления колхоза "Гвардеец". Обучалось в школе 25-30 мальчиков, девочки не обучались, программ и учебников не было. Первым школьным учителем был дьяк местной церкви - Михайлов Леонтий Филиппович, а затем в индивидуальном порядке обучал детей на дому грамотный крестьянин Величковский Евтух Яковлевич.
Министерская (государственная) школа построена в селе в 1899 году. Она находилась на территории школы, где до строительства двухэтажного здания были школьные мастерские. Эта школа называлась "волостной".
Второе здание школы возведено в 1903 году. Эта школа называлась "церковной". Каждое построенное здание было рассчитано на одну классную комнату и учительскую квартиру.
Учащиеся в школу зачислялись по желанию, получаемому на сходе жителей села.
Начальная школа существовала в селе Митрофановском с 1899 года по 1935 годы. В 1935 - 1936 учебном году начальная Митрофановская школа была преобразована в Апанасенковскую неполную среднюю школу (НСШ), был открыт 5-й класс. В 1936 - 1937 учебном году были открыты одновременно 6-ой и 7-ой классы. В 1937 - 1938 учебном году был открыт 8-й класс и Апанасенковская неполная средняя школа преобразована в Апанасенковскую среднюю школу №3. В средней школе обучались дети из Апанасенковского, Воздвиженского, Вознесеновского, Рагулей и совхоза "Айгурский". При школе открыт интернат, некоторые учащиеся жили у родственников, знакомых и снимали квартиры.
В 1939-1940 учебном году открыт 9-й класс, а в 1940 -1941 учебном году - 10-й класс. 21 июня 1941 года состоялся первый выпуск учащихся Апанасенковской средней школы №3.